Томаты обладают высокой потенциальной степенью аллергизирующей активности. Аллергия может проявляться заболеваниями пищеварительной системы (аллергический стоматит, хейлит, гастрит, колит, гастроэнтерит, синдром раздраженного кишечника), кожи (атопический дерматит, крапивница, отек Квинке) и реже органов дыхания (аллергический ринит, астма). В случае выраженной сенсибилизации возможен анафилактический шок. У детей аллергическая реакция часто проявляется в виде диатеза.